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Mis à jour le 29/11/2024

Un salarié est absent pour cause de maladie : quelles démarches l’employeur doit-il effectuer ? Quelles indemnités pour le salarié ?

 Enregistrez les arrêts maladie dans ISI RH :
– rendez vous dans le module Administration du personnel,
– puis dans le bloc Maladie et protection sociale complémentaire,
– et enfin dans la fonctionnalité Traiter un arrêt maladie/accident du travail.
ISIRH vous indique le nombre de jours de maintien du salaire et le nombre de jours de prise en charge par la prévoyance. Il génère également le formulaire de déclaration unique des sinistres et vous permet de le transmettre à votre assureur en un clic.

En cas d’arrêt de travail dérogatoire Covid-19 des règles spécifiques d’indemnisation sont prévues par décret. Pour en savoir davantage consultez la fiche dédiée.

Pour connaitre les règles d’acquisition des congés payés, rendez-vous sur la fiche dédiée : Les congés payés | Isidoor

Les démarches administratives de l’employeur #

Au début de l’arrêt maladie #

Le salarié informe immédiatement son employeur de son absence et la justifie au maximum dans les 48 heures. L’absence du salarié pour cause de maladie, d’accident du travail, de maladie professionnelle ou d’accident de trajet doit être justifiée par un avis d’arrêt de travail.

Dès réception du volet 3 de l’avis d’arrêt de travail délivré par le médecin du salarié, l’employeur doit établir l’attestation de salaire du salarié concerné. Cette attestation permet de déclencher le versement des indemnités journalières auxquelles le salarié peut avoir droit.

Cette attestation de salaire peut être transmise via net-entreprises.fr, via votre logiciel de paie certifié ou par courrier. Elle doit être transmise à la caisse primaire d’Assurance Maladie du salarié concerné.

Au moment de la reprise du travail #

Au moment de la reprise du travail, les signalements devant être effectués par l’employeur vont dépendre de plusieurs facteurs.

Si la déclaration de l’arrêt de travail a été faite via la déclaration sociale nominative (DSN) :

  • si la reprise du travail a eu lieu à la date prévue, elle doit être signalée dans la DSN mensuelle ;
  • si la date de reprise a été repoussée, il suffit de modifier la date de fin prévisionnelle de l’arrêt de travail dans le logiciel de paie ;
  • si la date de reprise de travail a été anticipée, elle doit être signalée dans les cinq jours suivant la reprise dans une DSN évènementielle.

Si la déclaration de l’arrêt de travail n’a pas été faite via la déclaration sociale nominative (DSN) :

  • si la reprise du travail a eu lieu à la date prévue ou si elle a été repoussée, il n’y a aucune démarche à effectuer ;
  • si la reprise du travail a été anticipée, elle doit être signalée à la Caisse primaire d’Assurance Maladie du salarié dans les cinq jours suivant la reprise.

Quand l’arrêt de travail se prolonge sans interruption au-delà de 6 mois #

Deux cas de figures se présentent :

  • via la DSN : il suffit de modifier la date de fin prévisionnelle de l’arrêt de travail dans le logiciel de paie ;
  • à défaut de DSN : l’employeur doit établir une nouvelle attestation de salaire.

L’indemnisation #

Indemnisation par l’Assurance maladie #

Sous certaines conditions, le salarié en arrêt maladie non professionnel perçoit des indemnités journalières (IJSS) calculées à partir du salaire brut du salarié concerné et versées tous les 14 jours en moyenne.

  • Le montant des IJSS

L’indemnité journalière perçue pendant l’arrêt de maladie non professionnel est égale à 50 % du salaire journalier de base. Celui-ci est calculé sur la moyenne des salaires bruts des 3 mois précédant l’arrêt de travail.

Le salaire est pris en compte dans la limite de 1,8 fois le Smic mensuel. Pour les arrêts débutant à partir du 1er décembre 2024, le montant maximum des indemnités journalières brutes de Sécurité sociale est égal à 53,31 euros.

Depuis le 1er juillet 2020, il n’y a plus de majoration de l’indemnité journalière pour les salariés ayant au moins trois enfants à charge.

  • Le délai de carence

Pendant les 3 premiers jours de l’arrêt de travail, aucune indemnité journalière n’est versée par l’Assurance maladie, c’est ce que l’on appelle le délai de carence. Il s’applique au début de chaque arrêt de travail.

Exceptions : Le délai de carence ne s’applique pas dans les cas suivants :

  • une prolongation de l’arrêt de travail après une reprise d’activité de 48 heures maximum entre la fin de l’arrêt initial et le début de l’arrêt de prolongation ;
  • l’arrêt est dû à une affection de longue durée (ALD). Dans ce cas, le délai de carence est retenu uniquement pour le premier arrêt de travail (valable sur une période de 3 ans) ;
  • l’arrêt de travail a pour motif un accident de travail ou une maladie professionnelle.

L’employeur prend en charge les 3 jours de carence si :

  • le salarié à plus d’un an d’ancienneté dans l’établissement,
  • et que son nombre de jours à droit à maintien de salaire à 100% du net n’est pas épuisé.

Indemnisation par l’employeur #

Le chapitre 7.1.2 de la convention collective EPNL prévoit qu’après un an d’ancienneté (non continue, contrairement à ce qui est indiqué dans le Guide employeur de la CCE PNL) dans l’établissement, l’employeur ayant reçu un avis d’arrêt de travail verse dès le premier jour d’arrêt au salarié concerné, à l’échéance habituelle du salaire, une indemnisation complémentaire aux indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS) dans les conditions ci-dessous détaillées :

Ancienneté Maintien du salaire par l’employeur à 100%
Entre 1 an et 11 ans 40 premiers jours
Au-delà de 11 ans et jusqu’à 16 ans 60 premiers jours
Au-delà de 16 ans 90 premiers jours

L’employeur prend en charge intégralement la rémunération les trois premiers jours de l’arrêt, puis les IJSS lui sont versées à partir du 4ème jour d’arrêt continu et subrogées dans les droits du salarié.

Pour le calcul des indemnités dues au titre d’une période de paie, il est tenu compte des indemnités déjà perçues par l’intéressé durant les 12 mois antérieurs, de telle sorte que si plusieurs absences pour maladie ou accident ont été indemnisées au cours de ces 12 mois, l’indemnisation se fait sur le reliquat des droits à 100%.

L’employeur peut décider à tout moment de l’opportunité de faire procéder à une contre-visite médicale par un médecin de son choix. C’est la contrepartie de l’obligation faite à l’employeur de maintenir tout ou partie de la rémunération du salarié. Si le médecin contrôleur estime le salarié apte à reprendre le travail, l’employeur est en droit de stopper le versement du maintien de salaire à compter de la date de contrevisite.

Indemnisation par le régime EEP prévoyance #

La prévoyance peut intervenir soit directement en relais du maintien de salaire employeur, soit après 3 jours de carence en complément des indemnités de la Sécurité sociale.

  • En relais du maintien de salaire par l’employeur

En relais du maintien de salaire employeur, soit au 41ème jour, au 61ème jour ou au 91ème jour, l’organisme de prévoyance verse à l’employeur des indemnités journalières complémentaires (IJC) aux IJSS afin que le salarié en arrêt perçoive 95% de son salaire net pendant toute la durée de l’arrêt.

  • En l’absence de maintien de salaire par l’employeur

Si au jour de la date de début de l’arrêt maladie, le nombre de jours de droit à maintien de salaire à 100% du net est épuisé, la prévoyance interviendra au 4ème jour d’arrêt continu. Les trois premiers jours de l’arrêt ne seront donc ni couverts par l’employeur (puisque le nombre de jours de droit à maintien de salaire est épuisé), ni par la Sécurité sociale (puisqu’elle ne verse l’indemnité journalière qu’à compter du 4ème jour d’arrêt maladie non professionnel et hors accident du travail), ni par le régime de prévoyance (puisque l’indemnité versée par l’assureur est complémentaire de celle versée par la Sécurité sociale).

Le salarié prendra alors à sa charge ces trois jours de carence.

Le cas particulier du salarié ayant moins d’un an d’ancienneté dans l’établissement #

Dans le cas du salarié en arrêt maladie ayant moins d’un an d’ancienneté dans l’établissement et percevant des IJSS, le salarié ne bénéficiera pas du maintien de salaire employeur à 100%.

Le salarié doit remplir la condition d’ancienneté prévue à l’article II.10 du contrat d’assurance cadre et non cadre du régime EEP Prévoyance afin de bénéficier des indemnités de prévoyance.
Si cette condition d’ancienneté est remplie, le salarié qui perçoit des IJSS et dont l’arrêt maladie dure plus de 30 jours continus, bénéficiera des indemnités de prévoyance complémentaires (IJC) à partir du 31ème jour d’arrêt. Ainsi, à partir du 31ème jour d’arrêt continu, le salarié percevra 95% (IJSS + IJC) de son salaire net jusqu’à la date de fin de son arrêt.

Dans le cas du salarié en arrêt maladie ayant moins d’un an d’ancienneté dans l’établissement et ne percevant pas d’IJSS. Dans ce cas il n’y aura pas non plus de maintien de salaire employeur.
Or, afin de ne pas laisser le salarié sans revenu, le régime de prévoyance prévoit que si salarié répond aux conditions d’ancienneté prévues à l’article II.10 du contrat d’assurance cadre et non cadre du régime EEP Prévoyance, le régime de prévoyance interviendra au 4ème jour d’arrêt maladie en versant une indemnité de prévoyance dont le montant est calculé sous déduction des IJSS reconstituées. Ce salarié ne percevra donc pas 95% de son net puisqu’il ne percevra que les indemnités de prévoyance.

Dans le cas du salarié ayant moins d’un an d’ancienneté dans l’établissement mais plus d’un an d’ancienneté dans l’enseignement privé, le salarié ne bénéficiera pas du maintien de salaire employeur à 100%. Or pour cette situation particulière, les partenaires sociaux ont souhaité reconnaitre la fidélité du salarié dans le régime de prévoyance et tenir compte des mobilités entre établissements du réseau.

Aussi, le prévoyance intervient comme suit:
Si le salarié perçoit des IJSS, le régime de prévoyance interviendra au 1er jour d’arrêt à hauteur de 95% du net. La prévoyance prend en charge la carence des 3 premiers jours à hauteur de 95% du net.
Si le salarié ne perçoit pas d’IJSS, le régime de prévoyance interviendra au 1er jour d’arrêt en versant une indemnité de prévoyance déduction faite des IJSS reconstituées.

Revalorisation des prestations de prévoyance à partir du 1er novembre 2024 à 1,6% #

Le point AGIRC ARRCO a été revalorisé à hauteur de 1,6% au 1er novembre 2024. Au regard de la réserve du fonds de revalorisation, les partenaires sociaux ont donc décidé d’appliquer le taux du point AGIRC ARRCO.

Les taux 2025 du régime de prévoyance des salariés : application des taux conventionnels #

Les partenaires sociaux ont décidé du renouvellement des taux 2024 au 1er janvier 2025 pour le régime des salariés cadres et non cadres.

Consultez ci-après la décision signée par les partenaires sociaux afin d’avoir la ventilation du taux 2025.

Zoom sur les établissements IDF : spécificité de l’accord régional du 11 février 2015 #

Les établissements d’Ile-de-France bénéficient d’un régime supplémentaire au régime national de prévoyance. Il s’agit de l’accord régional du 11 février 2015. Les salariés cadres et non cadres sont bénéficiaires de cette surcomplémentaire.
En contrepartie d’une cotisation supplémentaire, les salariés exerçant dans les établissements IDF voient leur garantie incapacité portée à 100% du net.
N’hésitez pas à consulter la page dédiée réalisée par l’UROGEC IDF pour plus de détail. Vous pouvez également consulter les notices d’information expliquant les garanties.

Il est à noter que les AESH ne sont pas des salariés, aussi, ils ne sont pas affiliés au régime EEP Prevoyance des salariés.

Les démarches RH de l’employeur #

La loi Santé du 2 août 2022 a créé un nouveau dispositif pour les salariés en arrêt maladie: le rendez-vous de liaison. Ce rendez-vous, qui n’est pas un rendez-vous médical, a pour objectif de maintenir un lien entre le salarié pendant son arrêt de travail et l’employeur et d’informer le salarié qu’il peut bénéficier d’actions de prévention de la désinsertion professionnelle, d’une visite de préreprise, et de mesures d’aménagement du poste et/ou du temps de travail.

Ce rendez-vous, qui s’applique aux arrêts ayant débutés après le 31 mars 2022, est destiné aux salariés en arrêt de travail (maladie ou accident du travail) de plus de trente jours. Le questions/réponses mis en ligne sur le site du ministère du Travail précise que la durée de l’arrêt de travail prise en compte peut être continue ou discontinue.

Ce rendez-vous est organisé à l’initiative de l’employeur ou du salarié. L’employeur informe le salarié de l’existence de ce rendez-vous.
Le salarié qui sollicite ou accepte ce rendez-vous se voit proposer une date dans les 15 jours par l’employeur .

Contenu du rendez-vous de liaison #

Lors du rendez-vous de liaison, l’employeur ou son représentant, doit être capable de présenter les actions de prévention envisageables, comme par exemple:

  • la visite de préreprise,
  • l’aménagement du poste ou du temps de travail,
  • le projet de transition professionnel.

En opportunité, si l’organisation de l’établissement le permet, le salarié ne devrait pas être reçu par son supérieur hiérarchique. Le rendez-vous de liaison ne doit pas dériver vers des sujets professionnels. Il doit demeurer un rendez-vous dédié aux actions de prévention. Ce rendez-vous n’est pas non plus le moment pour évoquer un éventuel souhait de rupture conventionnelle.

Organisation du rendez-vous de liaison #

L’employeur informe le salarié par tout moyen qu’il souhaite organiser un rendez-vous de liaison, lui rappelle l’objectif de ce rendez-vous et qu’il ne s’agit pas d’une obligation mais d’une possibilité. Cette information individuelle peut être réalisée par un courrier envoyé en lettre recommandée avec avis de réception ou par mail avec accusé réception. Aucune sanction n’est précisée en l’absence d’information du salarié. Cependant, un salarié qui ultérieurement serait déclaré inapte pourrait tenter de reprocher à l’employeur de ne pas avoir porté à sa connaissance l’existence de ce dispositif qui en théorie aurait pu éventuellement permettre d’éviter son inaptitude.

Le rendez-vous de liaison peut être organisé à distance ou en présentiel. Chaque partie devra donner son accord sur les modalités retenues. Un compte-rendu signé devra être formalisé. En cas de présentiel, le salarié devra cependant veiller à être autorisé par son médecin traitant à participer à ce rendez-vous.

Le service de prévention et de santé au travail (SPST) est prévenu par l’employeur huit jours avant la tenue du rendez-vous de liaison. Le SPST est associé au rendez-vous de liaison. Il peut être représenté par un membre de l’équipe pluridisciplinaire ou par un membre de la cellule de prévention de la désinsertion professionnelle.

Le référent handicap de l’établissement peut participer au rendez-vous de liaison, sous réserve de l’accord du salarié. En dehors de cette précision, le Code du travail ne prévoit pas la possibilité pour le salarié d’être assisté. Les parties peuvent néanmoins s’accorder sur le fait de choisir d’autres personnes dont la présence peut être utile.

Le rendez-vous de liaison peut-il avoir lieu alors que le salarié n’est plus en arrêt ? #

Le principe du rendez-vous de liaison est de permettre à l’employeur et au salarié de se rencontrer pendant l’arrêt de travail du salarié. Cependant il est possible d’envisager des cas dans lesquels le salarié aura demandé l’organisation d’un rendez-vous de liaison mais le temps de fixer la date, il aura reprit le travail. Tant qu’une visite médicale de reprise n’a pas été passée par le salarié, il ne peut paraitre pertinent de maintenir un rendez-vous de liaison déjà convenu bien que le salarié ne soit plus en arrêt de travail.

En revanche, un rendez-vous de liaison qui interviendrait après que la salarié soit déclaré apte ou inapte ne devrait pas être maintenue. Si le salarié est déclaré apte sans réserve, il n’y a plus besoin de discuter des modalités de sa reprise et des moyens de prévenir la désinsertion. S’il est déclaré inapte, c’est son reclassement qui doit être recherché, mais le contenu du rendez-vous de liaison ne serait plus adapté à la situation.

Suites du rendez-vous de liaison #

Si un compte-rendu doit être formalisé à la suite du rendez-vous de liaison, cette rencontre ne vaut ni étude de poste, ni visite de préreprise, même en présence du médecin. Ainsi, aucun aménagement de poste, aucune modification du contrat ne pourront être imposés par une partie à la suite de cet entretien. Enfin, rien ne s’oppose à ce que le salarié sollicite plusieurs rendez-vous de liaison au cours d’un même arrêt de travail. De même l’employeur peut également en proposer plusieurs.

Contre-visite médicale patronale  #

L’employeur peut décider à tout moment de l’opportunité de faire procéder à une contre-visite médicale, dès lors que le congé maladie est en cours d’exécution. C’est la contrepartie de l’obligation faite à l’employeur de maintenir tout ou partie de la rémunération du salarié (au-delà de ses droits à indemnités journalières de sécurité sociale, voir ci-dessus). L’article L.1226-1 du Code du travail et la Convention collective EPNL font mécaniquement de l’existence d’une contre-visite « négative » un cas de suspension du versement du maintien de salaire employeur. Autrement dit, si le médecin contrôleur estime le salarié apte à reprendre le travail, l’employeur est en droit de stopper le versement du maintien de salaire à compter de la date de contrevisite.

Le Décret n° 2024-692 du 5 juillet 2024 précise les modalités et les conditions de la visite médicale diligentée par l’employeur.

Sont ainsi insérés les nouveaux articles du code du travail suivants :
Art. R. 1226-10 : « Le salarié communique à l’employeur, dès le début de l’arrêt de travail (…) ainsi qu’à l’occasion de tout changement, son lieu de repos s’il est différent de son domicile et, s’il bénéficie d’un arrêt de travail portant la mention “sortie libre” (…), les horaires auxquels la contre-visite (…) peut s’effectuer.« 
Art. R. 1226-11 : « La contre-visite est effectuée par un médecin mandaté par l’employeur. Ce médecin se prononce sur le caractère justifié de l’arrêt de travail, y compris sa durée.
La contre-visite s’effectue à tout moment de l’arrêt de travail et, au choix du médecin :
– soit au domicile du salarié ou au lieu communiqué par lui (…), en s’y présentant, sans qu’aucun délai de prévenance ne soit exigé, en dehors des heures de sortie autorisées (…) ou, s’il y a lieu, aux heures communiquées (..) ;
– soit au cabinet du médecin, sur convocation de celui-ci par tout moyen conférant date certaine à la convocation.
Si le salarié est dans l’impossibilité de se déplacer, notamment en raison de son état de santé, il en informe le médecin en en précisant les raisons. »

Art. R. 1226-12 : « Au terme de sa mission et sans préjudice des obligations qui lui incombent (..), le médecin informe l’employeur, soit du caractère justifié ou injustifié de l’arrêt de travail, soit de l’impossibilité de procéder au contrôle pour un motif imputable au salarié, tenant notamment à son refus de se présenter à la convocation ou à son absence lors de la visite à domicile.
L’employeur transmet sans délai cette information au salarié.« 

Lorsque le contrôle conclut à l’absence de justification d’un arrêt de travail ou fait état de l’impossibilité de procéder à l’examen de l’assuré, le médecin transmet son rapport au service du contrôle médical de la caisse dans un délai maximal de 48 heures.

Au vu de ce rapport, ce service :
1° Soit demande à la caisse de suspendre les indemnités journalières ;
2° Soit procède à un nouvel examen de la situation de l’assuré. Ce nouvel examen est de droit si le rapport a fait état de l’impossibilité de procéder à l’examen de l’assuré.

Si après une contre-visite ayant conclu à son aptitude, le salarié obtient de son médecin traitant une prolongation, il a de nouveau droit, à partir de la date de celle-ci, à une indemnisation complémentaire. L’employeur n’a dès lors d’autre recours que de faire procéder à une nouvelle contre-visite.

Voici pour compléter une infographie réalisée par les éditions Francis Lefebvre-Dalloz .

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